膀胱癌灌注治疗可能出现副作用，常见副作用包括尿频尿急、血尿、膀胱刺激症状等，多数症状较轻微且可控。
膀胱灌注化疗或免疫治疗是预防膀胱癌复发的常用手段，药物直接作用于膀胱黏膜可能引发局部刺激反应。尿频尿急表现为排尿次数明显增多且伴有急迫感，与药物刺激膀胱神经有关，通常停药后逐渐缓解。血尿多为镜下血尿或轻度肉眼血尿，因黏膜充血糜烂导致，需与肿瘤复发相鉴别。膀胱刺激症状包含下腹坠胀感、排尿灼痛，可通过调整灌注频率或药物浓度改善。少数患者可能出现过敏反应如皮肤瘙痒、发热，需立即停止治疗并抗过敏处理。部分免疫制剂可能引发全身乏力、食欲减退等系统性反应，但发生率较低。
严重副作用如膀胱挛缩、肾功能损伤等较为罕见，多与长期反复灌注或药物累积毒性相关。膀胱挛缩表现为膀胱容量显著缩小，需通过膀胱扩张术干预。肾功能损伤多见于药物经黏膜吸收后代谢异常，需定期监测肌酐指标。极少数情况下可能出现骨髓抑制导致白细胞减少，需暂停治疗并给予升白药物。对于存在膀胱瘘、急性尿路感染或严重肾功能不全的患者，应禁用灌注治疗以避免风险加剧。
接受膀胱灌注期间应保持每日饮水2000毫升以上以稀释尿液，避免辛辣刺激食物减少膀胱刺激，治疗后2小时内尽量不排尿以延长药物接触时间。建议穿着宽松衣物减少腹部压迫感，出现持续高热、严重血尿或排尿困难时需立即就医。定期复查膀胱镜和尿脱落细胞学检查有助于评估疗效与副作用，治疗间歇期可进行盆底肌训练改善排尿控制能力。医护人员会根据个体反应调整药物浓度与灌注周期，患者无需过度担忧副作用而影响规范治疗。