肛瘘治疗后存在复发可能，复发概率与术后护理、病因控制等因素相关。肛瘘是肛周脓肿破溃后形成的慢性感染性管道，治疗方式主要有瘘管切开术、挂线疗法等。
肛瘘复发常见于术后未彻底清除感染源或存在基础疾病未控制的情况。例如糖尿病患者因血糖控制不佳导致组织修复能力下降，或克罗恩病患者因肠道持续炎症诱发新瘘管形成。术中瘘管分支未完全切开、创面假性愈合也是复发原因之一。术后过早进行剧烈运动或排便用力可能造成创面撕裂。部分患者因害怕疼痛未按时坐浴换药，导致创面清洁不足引发感染。
少数情况下，高位复杂性肛瘘因解剖位置特殊难以彻底清创，或患者存在免疫缺陷疾病时复发风险较高。结核性肛瘘需配合抗结核治疗，单纯手术干预易复发。先天性肛门畸形伴发的肛瘘可能需多次手术矫正。极少数患者因瘢痕体质形成窦道，需结合激光或生物蛋白胶治疗。
术后应保持肛门清洁，每日用高锰酸钾溶液坐浴2-3次，排便后及时冲洗。避免久坐久站，穿宽松棉质内裤减少摩擦。饮食以高纤维食物为主，如燕麦、西蓝花等预防便秘，限制辛辣刺激食物摄入。定期复查肛门指诊及超声检查，发现异常分泌物或肿痛需立即就医。合并糖尿病等基础疾病者需严格控制血糖。术后3个月内避免骑自行车、深蹲等增加肛周压力的运动。