扁桃体囊肿手术风险通常较低，但需结合患者个体情况及手术方式综合评估。手术风险主要与麻醉反应、术中出血、术后感染等因素相关。
扁桃体囊肿手术采用全身麻醉时，可能出现麻醉药物过敏或呼吸抑制，但现代麻醉技术已显著降低此类风险。术中出血量一般较少，但存在血管异常或凝血功能障碍者需提前评估。术后创面感染概率与个人卫生护理密切相关，规范使用抗生素可有效控制。部分患者术后可能出现暂时性吞咽疼痛或发音改变，通常1-2周内自行缓解。低温等离子等微创技术的应用进一步减少了组织损伤和恢复时间。
特殊情况下风险可能升高，如囊肿体积过大压迫邻近血管神经、患者合并严重基础疾病或存在出血倾向。儿童患者因气道较成人狭窄，需特别注意术后呼吸道管理。罕见情况下可能发生创面延迟愈合或瘢痕增生，需二次干预。术前全面检查、术中精细操作及术后密切随访是规避风险的关键措施。
术后应保持口腔清洁，使用生理盐水漱口每日3-4次，避免用力咳嗽或擤鼻。饮食从流质逐渐过渡到软食，禁止摄入过热、辛辣或坚硬食物。术后1周内避免剧烈运动，观察有无发热、持续出血等异常。睡眠时可抬高床头减少局部水肿，出现呼吸困难、大量出血等情况需立即就医。定期复查确保创面愈合，恢复期间出现持续疼痛或异味分泌物应及时告知医生。