扁桃体囊肿一般不能自愈，多数需要医疗干预。扁桃体囊肿可能与慢性炎症、感染、先天发育异常等因素有关，通常表现为咽部异物感、吞咽困难、口臭等症状。
扁桃体囊肿通常由长期慢性炎症刺激或反复感染导致，扁桃体隐窝内脱落上皮及分泌物无法正常排出，逐渐积聚形成囊性结构。这类囊肿因位置特殊且缺乏有效引流通道，难以通过机体自身吸收或排出实现自愈。体积较小的囊肿可能暂时无明显症状，但容易因感冒、疲劳等因素诱发感染，导致囊肿增大或化脓。患者常因咽部持续不适、吞咽梗阻感就诊，部分伴随夜间打鼾或呼吸不畅。
极少数情况下，婴幼儿因免疫系统发育完善可能使微小囊肿缩小，但需排除先天性畸形的可能。成年人囊肿若继发急性化脓性扁桃体炎，可能伴随高热和剧烈疼痛，此时囊肿可能因炎症破溃暂时缓解，但病灶未彻底清除仍会复发。存在免疫缺陷或长期服用免疫抑制剂的患者，囊肿更易继发特殊病原体感染，自愈概率更低。
建议出现扁桃体囊肿后及时就诊耳鼻喉科，通过喉镜或影像学检查明确囊肿性质。治疗需根据囊肿大小选择药物雾化、穿刺抽吸或手术切除，合并感染者需配合抗生素治疗。日常应保持口腔清洁，避免辛辣刺激食物，戒烟限酒以减少黏膜刺激。若囊肿反复发作或影响呼吸功能，需考虑扁桃体切除术根治。