坏牙根不拔除可能存在危害，可能导致局部感染扩散、邻牙移位或全身炎症反应。长期滞留的残根可能成为病灶，影响咀嚼功能与口腔健康。
坏牙根滞留可能引发根尖周炎，细菌通过根管向周围组织扩散，形成脓肿或囊肿。炎症反复发作会破坏颌骨骨质，导致疼痛和面部肿胀。残根边缘锐利可能刺激口腔黏膜，增加口腔溃疡或白斑风险。残留牙根可能影响邻近牙齿的稳定性，造成牙齿倾斜或咬合紊乱。部分患者可能出现全身性反应如低热或疲劳，与慢性炎症持续释放炎性介质有关。
极少数情况下，长期未处理的坏牙根可能诱发颌骨骨髓炎或成为全身感染的病灶源。免疫低下患者可能出现败血症等严重并发症。残根表面菌斑堆积可能增加心血管疾病和糖尿病的控制难度。某些特殊类型的残根可能压迫神经，引发持续性面部疼痛或麻木。对于正畸治疗患者，滞留残根可能干扰牙齿移动轨迹。
建议定期进行口腔检查，发现坏牙根应及时评估处理。日常使用含氟牙膏刷牙并配合牙线清洁，减少菌斑堆积。避免用患侧咀嚼硬物以防残根折裂。糖尿病患者需加强血糖控制以降低感染风险。备孕女性建议孕前完成口腔治疗，避免妊娠期牙科急症。修复缺失牙时可考虑种植或固定桥修复，恢复咀嚼功能与美观。出现牙龈肿痛或咬合不适时应尽早就医，避免炎症加重。