甲亢碘治疗可能出现副作用，但多数可控。放射性碘治疗主要用于甲状腺功能亢进症，常见副作用包括甲状腺功能减退、颈部肿胀、唾液腺炎症等，通常可通过医学干预缓解。
放射性碘治疗通过破坏甲状腺组织减少激素分泌，治疗过程中可能出现暂时性甲状腺功能减退，表现为乏力、怕冷、体重增加等，需定期监测甲状腺功能并补充甲状腺激素。部分患者治疗后出现颈部肿胀或疼痛，与局部炎症反应有关，一般2-4周自行缓解，严重时可使用非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等对症处理。
少数患者可能发生唾液腺损伤导致口干、味觉改变，多因碘131在唾液腺浓聚所致，可通过含服维生素C片、增加饮水促进代谢。极少数情况下可能出现血液系统异常或远期甲状腺癌风险升高，但现有研究显示发生率极低。治疗前需完善甲状腺摄碘率检查，妊娠期、哺乳期及计划半年内怀孕者禁用该疗法。
接受碘治疗后应单独居住3-7天避免辐射暴露，使用专用餐具并单独清洗，与他人保持1米以上距离。治疗后1个月内避免接触孕妇及儿童，定期复查血常规、甲状腺功能及颈部超声。日常饮食需控制碘摄入量，避免海带、紫菜等高碘食物，保证优质蛋白如鸡蛋、瘦肉摄入，适当补充维生素B族改善代谢。出现持续心悸、手抖等甲亢症状未缓解或严重嗜睡、浮肿等甲减表现时需及时复诊调整治疗方案。