中药减肥可能存在副作用，具体与药物成分、个体体质及使用方式有关。常见副作用包括胃肠不适、过敏反应、肝肾功能异常等，建议在医师指导下规范使用。
部分中药减肥方剂含有大黄、番泻叶等泻下成分，可能刺激胃肠黏膜导致腹痛腹泻，长期使用易引发电解质紊乱。含麻黄碱类的中药可能引起心悸、血压升高，心血管疾病患者需慎用。部分人群对何首乌、雷公藤等成分过敏，可能出现皮疹、瘙痒等反应。某些具有肝毒性的中药材如土三七、黄药子，不规范使用可能损伤肝功能。部分减肥中药可能干扰正常代谢，导致月经紊乱或内分泌失调。
临床也有部分温和的中药减肥方案，如荷叶、山楂等药食同源成分，在合理剂量下副作用较少。中医辨证施治的个性化方案可降低风险，如脾虚湿盛者选用茯苓、白术等健脾化湿药。部分外用的中药减肥贴剂因不经消化道吸收，副作用相对较小。短期规范使用质量合格的中药制剂，多数人不会出现明显不良反应。部分现代中药复方制剂通过工艺改良已减少毒性成分含量。
使用中药减肥期间应定期监测肝肾功能，出现头晕、恶心等症状需立即停用。避免自行配伍或超剂量服用，妊娠期、哺乳期女性及慢性病患者应禁用减肥中药。配合饮食控制和适量运动可减少药物依赖，建议选择正规医疗机构开具的经批准中药制剂，服用期间忌食生冷油腻食物，保持充足睡眠有助于代谢平衡。中药减肥见效较慢，需坚持1-3个月观察效果，不建议与西药减肥药联合使用。