中药木通可能引起肾功能损害、消化道不适、过敏反应等副作用，使用不当或过量时风险更高。木通含有马兜铃酸成分，长期或大剂量服用可能导致不可逆的肾损伤，需严格遵医嘱使用。
木通中的马兜铃酸是导致肾毒性的主要成分，可能引发肾小管坏死或间质性肾炎，早期表现为尿量减少、水肿，严重时可进展为慢性肾功能衰竭。部分患者服用后出现恶心、呕吐、腹痛等消化道症状，多与药物对胃肠黏膜的刺激有关。过敏反应包括皮肤瘙痒、皮疹或呼吸困难，与个体免疫敏感性相关。孕妇使用木通可能因马兜铃酸的致畸性导致胎儿发育异常，哺乳期女性也应避免使用。肝功能异常者代谢马兜铃酸能力下降，可能加重肾脏负担。
使用木通期间应定期监测尿常规和肾功能指标，出现乏力、尿色加深等症状需立即停药。避免与肾毒性药物如非甾体抗炎药联合使用，煎煮时需控制剂量在3-6克以内。儿童、老年人等特殊人群应谨慎使用，替代药材可考虑通草等安全性较高的利水渗湿药。日常饮食需低盐低蛋白，保持每日饮水量，减少剧烈运动以降低肾脏负荷。