激光近视眼手术可能存在副作用，但多数较轻微且可控。常见副作用包括干眼、眩光、视力波动等，严重并发症如角膜感染或圆锥角膜较为罕见。
激光近视眼手术后较常见的副作用是干眼，由于手术暂时影响角膜神经调节泪液分泌功能，患者可能感到眼部干涩、异物感，通常使用人工泪液可缓解，多数在3-6个月内逐渐恢复。眩光或光晕现象多发生在夜间，与角膜切削区域光学特性改变有关，随着角膜愈合会减轻，严重者需通过二次手术调整。术后早期可能出现视力波动，尤其是高度近视患者，与角膜水肿修复过程相关，1-3个月趋于稳定。
极少数情况下可能出现角膜感染，与术后护理不当或个体免疫力低下有关，需立即使用抗生素滴眼液控制。圆锥角膜是罕见但严重的并发症，多见于角膜基质过薄或术前筛查不充分者，可能需角膜交联治疗或移植手术。术后角膜上皮愈合不良、激素性高眼压等也属于需医学干预的特殊情况。
术后需严格遵医嘱使用抗生素和抗炎滴眼液，避免揉眼及游泳1个月，外出佩戴防紫外线眼镜。定期复查角膜地形图与眼压，出现持续眼痛、视力骤降需立即就医。长期保持用眼卫生，避免过度疲劳，高度近视者仍需警惕视网膜病变风险。均衡饮食补充维生素A、C，适度进行非对抗性运动有助于恢复。