新生儿甲减是否需要终生服药需根据病因决定，暂时性甲减通常无须终生服药，永久性甲减则需长期替代治疗。
暂时性甲减多见于母体碘缺乏或抗甲状腺药物影响，甲状腺功能多在3-12个月逐渐恢复，期间需定期监测TSH水平，多数患儿在1岁前可停药。永久性甲减常由甲状腺发育异常、基因突变或中枢性甲减导致，需持续服用左甲状腺素钠片维持正常代谢，剂量需随生长发育调整。无论何种类型，确诊后均需立即开始治疗以避免智力发育迟缓，治疗期间每2-3个月复查甲状腺功能，青春期及妊娠期需更密切监测。
家长应严格遵医嘱给药，避免与豆制品、铁剂同服影响吸收，定期记录患儿身高体重及发育里程碑，发现嗜睡、喂养困难等异常及时复诊。哺乳期母亲需保证碘摄入，配方奶喂养者选择含碘奶粉，辅食添加后适量食用海带等富碘食物。日常注意观察患儿活动力、排便情况及皮肤干燥程度，避免感染诱发甲减危象。