脚气和灰指甲有一定关系，两者可能由相同致病真菌引起，且脚气反复发作可能增加灰指甲的发病概率。
脚气医学上称为足癣，灰指甲医学上称为甲癣，两者均由皮肤癣菌感染引起。红色毛癣菌和须癣毛癣菌是常见的共同致病菌，这类真菌喜好潮湿温暖环境，可先感染足部皮肤引发脚气，再蔓延至甲板导致灰指甲。脚气患者若长期未规范治疗，真菌可能通过破损皮肤或甲周微小伤口侵入甲床，造成指甲增厚、变色、分层等灰指甲表现。
少数情况下，灰指甲也可能作为独立疾病发生，与脚气无直接关联。例如糖尿病患者或免疫力低下人群，可能因局部血液循环差或防御功能减弱直接出现甲癣。长期穿不透气鞋袜、共用修甲工具等行为也可能单独诱发灰指甲。
预防脚气和灰指甲需保持足部清洁干燥，每日更换透气棉袜，避免赤脚行走于公共浴室或游泳池等潮湿场所。脚气患者应及早就医使用联苯苄唑乳膏或特比萘芬喷雾剂等抗真菌药物，防止真菌扩散至甲部。已合并灰指甲时需遵医嘱口服伊曲康唑胶囊配合环吡酮胺搽剂治疗，疗程通常需要3-6个月。家庭成员间不混用拖鞋、指甲剪等物品，定期用沸水烫洗鞋袜可降低交叉感染风险。