怀孕期间甲状腺功能减退不一定会影响胎儿智力，但未经规范治疗的甲减可能增加胎儿智力发育异常的风险。
甲状腺激素对胎儿脑发育至关重要，尤其在妊娠前12周胎儿完全依赖母体甲状腺激素。若孕妇甲减得到及时诊断并规范治疗，通过补充左甲状腺素钠片维持促甲状腺激素在妊娠特异性参考范围内，胎儿智力通常不受明显影响。研究显示，治疗达标的孕妇其子女智商与正常孕妇后代无显著差异。
但若甲减未及时发现或治疗不充分，母体低甲状腺激素状态可能导致胎儿脑皮质发育迟缓、神经元迁移异常等。妊娠期严重甲减未干预者，后代出现认知功能障碍的概率可能增加。早孕期甲减对胎儿神经发育的影响尤为关键，此时胎儿甲状腺尚未具备功能。
建议所有备孕或早孕女性筛查甲状腺功能，确诊甲减者应在内分泌科医生指导下调整左甲状腺素钠片剂量，妊娠期间每4-6周复查甲状腺功能，保持促甲状腺激素在孕早期0.1-2.5mIU/L、孕中期0.2-3.0mIU/L、孕晚期0.3-3.0mIU/L的理想范围。同时保证碘营养均衡，每日摄入碘盐不超过6克，可适量进食海带、紫菜等富碘食物，避免过度烹饪导致碘流失。规律产检配合胎儿超声监测发育情况，发现异常及时干预。