中药木瓜具有舒筋活络、和胃化湿、消食驱虫等功效，主要用于治疗风湿痹痛、脚气水肿、消化不良等病症。
1、舒筋活络
木瓜中的木瓜蛋白酶能缓解肌肉痉挛，改善关节僵硬，适用于风湿性关节炎或运动损伤后的康复。常与牛膝、独活等配伍增强疗效。
2、和胃化湿
其有机酸成分可促进胃液分泌，对湿阻中焦导致的腹胀、食欲不振有效。临床多与苍术、厚朴同用以健脾祛湿。
3、消食驱虫
含有的木瓜碱对绦虫、蛔虫有麻痹作用，辅助治疗寄生虫病时需配伍槟榔、使君子等驱虫药。
4、抗炎消肿
木瓜提取物能抑制前列腺素合成，减轻软组织炎症反应，外敷可缓解跌打损伤引起的局部红肿。
5、抗氧化
丰富的维生素C和多酚类物质可清除自由基，延缓细胞衰老，但需长期适量服用才能显现效果。
使用木瓜时应注意，胃酸过多者慎用生品，孕妇禁用驱虫方剂。建议在中医师指导下根据体质配伍使用，鲜果食用每日不超过200克，晒干入药常用量6-12克。配合适度运动及低脂饮食可增强疗效，出现过敏症状应立即停用。