没熟透的番茄通常不建议直接食用。未完全成熟的番茄可能含有较多龙葵碱，食用后可能引发胃肠不适。
未熟透的番茄表皮呈青绿色，果肉较硬，口感酸涩。这类番茄中龙葵碱含量较高，该物质对胃肠黏膜有刺激作用，可能引起恶心、呕吐或腹痛。龙葵碱在高温下部分分解，若需食用可充分加热处理，如制成番茄酱或炖煮菜肴。完全成熟的番茄表皮鲜红，果肉柔软多汁，龙葵碱含量显著降低，更适合直接食用。
个别品种如绿宝石番茄成熟后仍为青绿色，可通过按压果蒂判断成熟度。若误食未熟番茄出现口麻、头晕等症状，应立即停止食用并就医。日常储存番茄时可与苹果或香蕉放置于纸袋中，利用乙烯气体催熟。
选择番茄时优先挑选颜色均匀、按压有弹性的果实，避免表皮破损或发软的个体。储存时置于阴凉通风处，成熟后尽快食用。若需食用未完全成熟番茄，建议高温烹煮破坏龙葵碱后再食用，出现不适症状应及时就医。