百合花对人体通常没有明显危害，但部分特殊情况下可能引发过敏或中毒反应。
百合花的花粉和香气对大多数人无害，其观赏价值高且常用于室内装饰。新鲜百合花释放的挥发性物质可能改善情绪，但香气过于浓郁时可能刺激呼吸道敏感人群出现打喷嚏或鼻塞。接触百合花蕊时，沾染衣物的花粉较难清洗，可能引起皮肤轻微瘙痒。正常摆放的百合花不会释放有毒气体，但需避免儿童误食花瓣或花蕊。
百合属植物的鳞茎含有秋水仙碱等生物碱，误食可能导致口腔麻木、呕吐等中毒症状。对花粉过敏者接触后可能出现结膜充血或荨麻疹。插花时茎秆切口渗出的汁液接触皮肤可能引发接触性皮炎。部分夜间释放二氧化碳的百合品种，密闭空间大量摆放可能影响睡眠质量。特殊体质人群吸入花粉可能诱发哮喘急性发作。
室内摆放百合花建议选择花粉少的重瓣品种，定期修剪花蕊减少花粉扩散。出现皮肤红肿或呼吸道不适时应立即远离花源，用清水冲洗接触部位。误食后需及时漱口并就医观察。过敏体质者赏花时可佩戴口罩，避免直接触碰花蕊。插花后及时清理凋落花瓣，保持环境通风减少香气积聚。