婴儿拉肚子时吃益生菌可能有一定帮助，但需结合具体病因决定。益生菌主要通过调节肠道菌群平衡缓解腹泻，但对病毒性肠炎、乳糖不耐受等特定病因效果有限。
病毒或细菌感染引起的腹泻可能伴随发热、呕吐等症状，此时益生菌仅作为辅助治疗手段，需配合补液盐预防脱水，必要时在医生指导下使用蒙脱石散等药物。轮状病毒肠炎患儿可选用双歧杆菌三联活菌散，但需与抗生素间隔2小时服用以避免失效。急性细菌性痢疾需优先进行抗感染治疗，布拉氏酵母菌散可能减少抗生素相关腹泻风险。
非感染性腹泻中，乳糖不耐受患儿使用益生菌效果不明显，需改用无乳糖配方奶粉。食物蛋白诱导的过敏性肠炎需严格回避过敏原，鼠李糖乳杆菌可能改善肠道屏障。早产儿或免疫力低下婴儿使用益生菌存在菌血症风险，布拉氏酵母菌禁用于中心静脉导管留置患儿。先天性短肠综合征等器质性疾病需专业营养支持而非依赖益生菌。
选择益生菌制剂时应注意菌株特异性，动物双歧杆菌BB-12对急性腹泻证据较充分，酪酸梭菌二联活菌散可修复肠黏膜。避免选择含蔗糖、乳糖的剂型以防加重腹泻，冲泡水温不超过40℃以保持活性。母乳喂养期间可直接补充婴儿专用益生菌滴剂，配方奶喂养可添加至奶液中。若腹泻超过3天未缓解或出现血便、持续呕吐、尿量减少等症状，应立即就医排查轮状病毒感染、肠套叠等急症。