拉肚子时吃益生菌可能有一定作用，但具体效果因人而异。益生菌主要通过调节肠道菌群平衡发挥作用，对部分腹泻类型可能有效。
益生菌对病毒性腹泻或抗生素相关性腹泻可能有一定缓解作用。病毒性腹泻常见于轮状病毒感染，益生菌能竞争性抑制病原体在肠道的定植。抗生素使用后肠道菌群紊乱引发的腹泻，补充特定菌株如布拉氏酵母菌有助于恢复微生态平衡。部分研究显示益生菌可缩短病程，但菌株选择需匹配腹泻类型。
益生菌对细菌性腹泻或寄生虫感染性腹泻效果有限。这类腹泻需针对病原体治疗，仅靠益生菌无法消除感染源。严重腹泻伴随脱水或血便时，益生菌不能替代补液盐或抗菌治疗。某些特殊菌株过量可能引起腹胀等不适，免疫缺陷人群使用需谨慎。
选择益生菌制剂时应注意活菌数量与菌株特异性，不同菌株对腹泻的作用差异较大。建议在医生指导下使用，避免与抗生素同时服用。腹泻期间仍需保证水分和电解质补充，若症状持续超过3天或出现发热、血便等情况应及时就医。