黄芪与红芪的主要区别在于来源、外观和功效，黄芪为豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的根，呈淡黄色，以补气升阳为主；红芪为豆科植物多序岩黄芪的根，表面红棕色，兼有补气与活血功效。
1、来源差异
黄芪来源于豆科植物蒙古黄芪或膜荚黄芪的干燥根，主产于山西、内蒙古等地。红芪则为豆科植物多序岩黄芪的干燥根，主要分布于甘肃、四川等高海拔地区。两者虽同属豆科，但植物基原不同，红芪因生长环境特殊，表皮氧化后呈现独特红棕色。
2、性状特征
黄芪饮片呈圆柱形，表面淡黄色至黄白色，断面纤维性强，味微甜。红芪外形与黄芪相似，但表皮呈红棕色至棕褐色，横切面可见放射状纹理，质地较黄芪更坚实，味甘带有轻微豆腥味。红芪切片后颜色会随时间加深，这是其鉴别要点之一。
3、功效侧重
黄芪以补气固表、利水消肿为主要功效，适用于气虚乏力、食少便溏等症。红芪除补气作用外，因含特有成分红芪多糖，兼具活血通络功效，对气血瘀滞型关节疼痛效果更显著。现代研究表明红芪在改善微循环方面优于普通黄芪。
4、成分区别
黄芪主要含黄芪甲苷、毛蕊异黄酮等成分，侧重免疫调节。红芪除含黄芪类似成分外，特有红芪酮、芒柄花素等活性物质，其总黄酮含量约为黄芪的1.5倍，抗氧化和抗凝血作用更突出。两者虽均含多糖类物质，但红芪多糖结构更具特异性。
5、应用场景
黄芪多用于经典方剂如补中益气汤、玉屏风散等，适合日常气虚调理。红芪更常用于藏药配伍及气血双补方剂，对高原缺氧适应、产后瘀血等症有独特疗效。红芪在甘肃等地常作为黄芪的地方习用品，但2015版药典已将其单独收载。
使用黄芪或红芪前建议咨询中医师辨证选用，气虚明显者可用黄芪，伴有血瘀症状者可考虑红芪。日常食疗可搭配枸杞、红枣等食材，但阴虚火旺者慎用。两者均属温补之品，连续服用超过2周需评估体质变化，服用抗凝药物者使用红芪需特别注意出血风险。存储时应置阴凉干燥处，红芪更需注意防潮以防颜色加深影响品质判断。