八味肾气丸和金匮肾气丸的主要区别在于成分与适应证。八味肾气丸由熟地黄、山药等八味药材组成，适用于肾阳虚引起的腰膝酸软；金匮肾气丸在八味基础上增加车前子等药材，主要用于肾阳虚水肿。
八味肾气丸以温补肾阳为主，方中熟地黄、山茱萸滋补肾阴，山药补脾益肾，茯苓健脾利湿，泽泻泄肾浊，牡丹皮清虚热，桂枝温通阳气，附子补火助阳。该方侧重调理肾阳虚导致的畏寒肢冷、夜尿频多、性功能减退等症状，适合肾阳不足但无明显水湿停滞的患者。
金匮肾气丸在八味基础上加入车前子、牛膝两味药材，强化利水渗湿功效。车前子利尿通淋，牛膝引药下行兼活血，使全方兼具温阳化气、利水消肿的作用。对于肾阳虚伴随下肢浮肿、小便不利、痰饮咳喘等水湿内停症状更为适用，常见于慢性肾炎、心力衰竭等疾病。
两种中成药均需在中医师辨证指导下使用。服药期间忌食生冷，避免过度劳累。若出现口干咽痛等上火症状或水肿加重，应立即停药就医。长期服用需定期监测肝肾功能，孕妇及阴虚火旺者禁用。