椎间孔镜手术在创伤程度、恢复速度、适应症范围等方面通常优于椎间盘镜手术，主要优势包括手术切口更小、神经损伤风险更低、术后恢复更快等。
椎间孔镜手术采用侧后方入路，仅需7-8毫米切口即可完成操作，对肌肉和韧带损伤极小，患者术后1-3天可下床活动。椎间盘镜手术需建立更大工作通道，切口约15-20毫米，可能需剥离部分椎板结构，术后需卧床3-5天。椎间孔镜通过自然解剖间隙进入，能更精准处理突出髓核，避免硬膜囊和神经根过度牵拉，显著降低神经根水肿概率。椎间盘镜因操作空间限制，术中可能需扩大骨窗，可能增加神经根刺激风险。椎间孔镜适用于极外侧型、中央型等多种椎间盘突出类型，对腰椎管狭窄合并突出者也能实现减压。椎间盘镜对严重钙化突出或中央型大块脱出处理难度较高。
椎间孔镜术后患者通常1-2周可恢复轻工作，3-4周逐步恢复体力劳动。椎间盘镜因创伤较大，完全恢复需6-8周。两种术式均需严格掌握适应症，术后需避免久坐弯腰，加强腰背肌锻炼，遵医嘱使用营养神经药物如甲钴胺片、维生素B1片等促进神经修复。