益生菌对口腔溃疡的治疗效果有限，通常不能作为主要治疗手段。口腔溃疡的治疗方式主要有局部用药、口服药物、调整饮食、保持口腔卫生、避免刺激因素等。
口腔溃疡是口腔黏膜的浅表性溃疡，可能由多种因素引起，包括局部创伤、营养缺乏、免疫异常、精神压力等。益生菌主要通过调节肠道菌群平衡发挥作用，虽然肠道菌群与免疫系统有一定关联，但目前没有充分证据表明益生菌能直接促进口腔溃疡愈合。对于因胃肠功能紊乱导致的口腔溃疡，适当补充益生菌可能有一定辅助作用，但效果因人而异。
口腔溃疡的治疗应以缓解症状、促进愈合为主。症状较轻时可使用复方氯己定含漱液、西瓜霜喷剂等局部药物；疼痛明显可选用利多卡因凝胶缓解；反复发作或症状严重需就医排查系统性病因。日常应注意补充维生素B族和锌元素，避免辛辣刺激食物，保持规律作息。益生菌可作为辅助选择，但不应替代规范治疗。
出现口腔溃疡后，建议保持清淡饮食，多摄入富含维生素C的蔬菜水果如猕猴桃、西蓝花等，避免过硬过烫食物刺激溃疡面。每日使用温盐水漱口3-4次，选择软毛牙刷轻柔清洁口腔。若溃疡持续2周未愈、面积超过5毫米或伴有发热等症状，应及时就诊排查白塞病、克罗恩病等系统性疾病可能。益生菌制剂选择时应注意查看活菌数量与菌种，避免与抗生素同服。