头疼拍CT一般能查出部分原因，但并非所有头疼都能通过CT明确诊断。CT检查对脑出血、脑肿瘤、脑外伤等器质性病变有较高检出率，但对偏头痛、紧张性头痛等功能性头痛通常无异常发现。
CT检查对急性脑出血的诊断准确率较高，能清晰显示出血部位、范围及是否伴随脑水肿。对于脑肿瘤，CT可发现直径超过5毫米的占位性病变，并能初步判断肿瘤性质。脑外伤患者通过CT可快速评估颅骨骨折、硬膜下血肿等急症情况。脑血管畸形如动脉瘤在增强CT下也有一定显示率。部分颅内感染如脑脓肿在CT上可见特征性环形强化病灶。
原发性头痛如偏头痛发作时，CT检查通常无阳性发现，这类头痛多与血管舒缩功能障碍或三叉神经血管系统异常有关。紧张性头痛因肌肉持续收缩导致，CT也无法显示这种功能性改变。丛集性头痛、药物过度使用性头痛等同样缺乏特异性CT表现。部分轻度脑炎或早期脑梗死可能在普通CT上显示不清，需结合MRI进一步检查。
出现突发剧烈头痛、伴随呕吐或意识障碍时应立即进行CT检查排除危急情况。慢性反复头痛患者若CT未见异常，可考虑做脑电图、经颅多普勒或颈椎检查。日常需记录头痛发作频率、诱因及伴随症状，避免过度依赖止痛药。保持规律作息、适度运动有助于减少功能性头痛发作。