手足口病肠道病毒疫苗通常建议接种，可有效预防由肠道病毒71型引起的手足口病重症病例。
手足口病主要由肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型引起，其中肠道病毒71型感染可能导致重症病例，表现为持续高热、神经系统并发症如脑炎或脑膜炎。接种肠道病毒71型灭活疫苗可显著降低重症发生概率，适用于6月龄至5岁儿童。疫苗需接种2剂次，间隔1个月，保护效力可持续2年以上。常见不良反应包括接种部位红肿、低热，通常48小时内自行缓解。未覆盖柯萨奇病毒A16型的疫苗对轻症手足口病无预防作用。
存在免疫功能缺陷、急性发热性疾病或对疫苗成分过敏的儿童应暂缓接种。疫苗接种后仍需保持手卫生、避免接触患者分泌物，因其他病原体亦可引起手足口病。部分地区的流行病学数据显示，肠道病毒71型所致病例占比下降时，需综合评估接种必要性。
除疫苗接种外，家长需注意儿童日常卫生管理，教导正确洗手方法，避免共用毛巾餐具。流行季节减少前往人群密集场所，对患儿粪便、疱疹液及时消毒。若出现持续高热、肢体抖动或呕吐等症状应立即就医。均衡饮食与充足睡眠有助于增强免疫力，患病期间需隔离治疗至症状消失后1周。