心肌炎通常可以彻底治愈，但具体预后与病情严重程度、治疗及时性以及个体差异有关。
轻度心肌炎患者经过规范治疗和充分休息后，多数能完全康复。这类患者主要表现为短暂心悸或轻微胸闷，心肌损伤标志物轻度升高，心脏彩超显示心功能正常或仅轻微异常。治疗以卧床休息为主，配合营养心肌药物如辅酶Q10片、磷酸肌酸钠注射液，同时积极控制原发感染。病程一般在2-4周，康复后心功能可完全恢复正常，无须长期服药。
重症心肌炎可能出现持续性心力衰竭、恶性心律失常或心源性休克，此时心肌细胞出现广泛坏死，即使经过静脉用免疫球蛋白、糖皮质激素冲击治疗以及机械循环支持，部分患者仍会遗留心脏扩大、慢性心功能不全等后遗症。暴发性心肌炎死亡率较高，存活者中约三成需长期服用抗心力衰竭药物。这类患者应定期复查心脏彩超和动态心电图，避免剧烈运动。
心肌炎康复期需保持低盐低脂饮食，适当补充优质蛋白和维生素，避免熬夜和过度劳累。痊愈后6个月内禁止高强度运动，建议通过散步、太极等低强度活动逐步恢复体能。若出现活动后气促、下肢水肿等症状应及时复诊。