副肿瘤性边缘系统脑炎病程一般为数月到数年，实际时间受到肿瘤控制情况、免疫治疗反应、神经系统损伤程度、基础疾病等多种因素的影响。
1. 肿瘤控制
原发肿瘤的进展或缓解直接影响病程，伴随肿瘤完全缓解者症状可能逐渐消退。
2. 免疫治疗
免疫球蛋白或糖皮质激素治疗有效者，认知功能障碍等症状可在数周内改善。
3. 神经损伤
海马体等边缘系统结构性损伤较重时，记忆障碍等后遗症可能持续较长时间。
4. 合并疾病
合并其他自身免疫性疾病或感染时，可能延长整体恢复周期。
建议定期进行神经心理学评估及肿瘤筛查，康复期可结合认知训练改善症状，具体预后需由神经科医生综合判断。