卡氏肺囊虫肺炎主要表现为发热、干咳、进行性呼吸困难、胸痛等症状，病情发展可分为早期、进展期和终末期三个阶段。
1、早期表现
早期症状包括低热、乏力、轻微干咳，部分患者可能出现夜间盗汗，此时肺部听诊多无异常体征。
2、进展期表现
随着病情进展，咳嗽加重呈持续性干咳，体温升高至39℃以上，呼吸频率加快伴活动后气促，胸部X线可见双肺弥漫性浸润影。
3、终末期表现
出现严重呼吸困难甚至呼吸窘迫，口唇发绀明显，血氧饱和度显著下降，可并发呼吸衰竭和多器官功能障碍。
该病常见于免疫功能低下人群，建议出现持续呼吸道症状时及时进行胸部CT和病原学检查，确诊后需住院接受规范抗感染治疗。