药物治疗，非甾体抗炎药可以迅速的减轻关节肿胀和疼痛，并增加活动范围。免疫抑制剂，包括柳氮磺吡啶，是治疗轻中度的溃疡性关节炎的主要用药。甲氨蝶呤，活动期溃疡性关节炎如果经柳氮磺吡啶或者非甾体抗炎药治疗无效可以选用。硫唑嘌呤，主要是用于重症顽固的病人。环孢素A，主要用于静脉使用激素无效的重症爆发型。糖皮质激素，可以使用口服或者关节腔局部应用，可以减轻外周关节的滑膜炎，但对骶髂关节炎和脊柱炎是没有效的。生物制剂，目前临床使用的有三种抗tnfr单抗治疗的，如应用西妥昔单抗、阿达木单抗、赛妥珠单抗，大多数的患者病情可以获得迅速改善，包括中毒或者激素免疫抑制剂没有效的或者不能耐受的溃疡性结肠炎患者。