到真内口或是有两个内口而手术只切开了一个，由于内口是肛瘘的感染源，只要有遗留的内口，手术后就一定会复发。肛瘘术后复发的另一个原因是病情复杂，瘘管太多走向不明，结果是手术中有遗漏造成术后复发。如果是高位复杂性肛瘘手术后大约有1/5的人可能复发;如果是高位单纯性肛瘘手术后大部分都能痊愈，极个别人复发;如果是低位复杂性肛瘘手术后应该都能治愈，复发者可能是有未被发现的高位瘘。单纯的低位肛门瘘手术后都能治愈不会复发。从理论上讲遵循手术原则，按照手术规范进行手术，不会有术后并发症。但每个人的体质不同，其机体组织对手术的反应程度也不同。一般来讲难度越大，复杂性越高的手术产生术后并发症的可能性越大。