沙眼一般起病缓慢，多双眼发病。沙眼衣原体感染后，潜伏5到14天，发生急性结膜炎。急性期症状，主要有畏光、流泪、异物感，较多粘液或粘液脓性分泌物，可以出现眼睑红肿，结膜明显充血，乳头增生，上下穹窿部浸润充血，布满滤泡，可合并弥漫性角膜上皮炎及耳前淋巴结肿大。慢性期，无明显不适，仅表现有眼睛痒、异物感、干燥和烧灼感。结膜充血减轻，结膜肥厚，同时，有乳头及滤泡增生。病变以上穹窿及睑板上缘结膜显著，并可出现垂帘状的角膜血管翳。晚期发生睑内翻与倒睫，上睑下垂，睑球黏连，角膜浑浊，干眼症，慢性泪囊炎等等并发症，导致严重的视力减退，甚至失明。