肛门疣多数可以治愈，治疗方法主要有药物治疗、物理治疗、手术治疗和免疫调节治疗。
1、药物治疗：
局部涂抹咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊或三氯醋酸溶液等药物，适用于体积较小的疣体，需在医生指导下规范使用。
2、物理治疗：
采用冷冻治疗、激光治疗或电灼治疗等方式直接清除疣体，适用于数量较多或体积较大的病灶。
3、手术治疗：
通过手术切除治疗顽固性疣体或反复发作的病例，需配合病理检查排除恶性病变。
4、免疫调节：
干扰素注射或口服免疫增强剂可降低复发概率，适用于免疫力低下或反复感染的患者。
治疗期间应保持会阴清洁干燥，避免搔抓病灶，性伴侣需同步检查治疗，定期复查至HPV病毒转阴。