真菌性食管炎多数情况下不严重，但免疫力低下者可能出现严重并发症。病情严重程度主要与感染范围、免疫状态、基础疾病、治疗时机等因素有关。
1、感染范围
局部黏膜感染症状较轻，表现为吞咽疼痛；广泛溃疡性病变可能导致出血或穿孔。
2、免疫状态
健康人群症状多局限，HIV感染者或放化疗患者易发生全身播散。
3、基础疾病
糖尿病控制不佳者易复发，长期用激素者可能合并肺部真菌感染。
4、治疗时机
早期使用氟康唑疗效显著，延误治疗可能发展为纵隔感染。
出现持续胸骨后疼痛伴发热时需及时就医，治疗期间避免辛辣刺激食物，保持口腔清洁有助于恢复。