生殖器疱疹潜伏期一般为2-12天，实际时间受到病毒载量、免疫状态、感染部位、首次感染或复发等多种因素的影响。
1、病毒载量
病毒入侵数量较多时潜伏期可能缩短，表现为更早出现水疱或溃疡症状。
2、免疫状态
免疫功能低下者潜伏期可能缩短，HIV感染者或长期使用免疫抑制剂人群需特别注意。
3、感染部位
黏膜部位感染较皮肤感染潜伏期更短，会阴部病变可能早于其他部位出现。
4、感染类型
初次感染潜伏期长于复发感染，复发患者可能提前出现局部刺痛等前驱症状。
潜伏期无症状但具有传染性，建议避免高危性行为，出现可疑症状及时至皮肤性病科就诊。