肛瘘术后多数不会留后遗症，少数可能出现肛门功能异常、复发、感染或瘢痕形成等问题。
1、肛门功能异常
手术可能损伤肛门括约肌，导致控便能力暂时下降，通常通过康复训练可逐步恢复。
2、复发
术中瘘管清理不彻底或术后护理不当可能引起复发，需定期复查并及时处理感染灶。
3、感染
术后创面护理不当可能引发局部感染，表现为红肿疼痛，需遵医嘱使用抗生素如头孢克肟、阿莫西林克拉维酸钾。
4、瘢痕形成
切口愈合过程中可能形成硬结或瘢痕，影响肛门弹性，可通过温水坐浴和局部按摩缓解。
术后保持清淡饮食，避免久坐及剧烈运动，定期随访有助于减少并发症风险。