颅底凹陷症的症状主要包括头痛、颈部疼痛、肢体无力、吞咽困难等，按严重程度从早期表现到终末期排列。
1、头痛
早期常见枕部或头顶部钝痛，可能因颅颈交界区神经受压导致，随病情进展可能转为持续性。
2、颈部疼痛
颈部僵硬和活动受限多见，与寰枢关节不稳定相关，严重时可能出现斜颈畸形。
3、肢体无力
上肢远端肌力减退常见，伴随肌肉萎缩和腱反射亢进，提示延髓或高位颈髓受压。
4、吞咽困难
晚期可能出现饮水呛咳、构音障碍，与后组颅神经受累相关，需警惕吸入性肺炎风险。
出现进行性加重的神经系统症状时应尽早就诊，避免剧烈颈部活动，保持呼吸道通畅。