肠道菌群的数量和比例失调。正常人肠道中的菌群主要为厌氧菌，少数为需氧菌。正常菌群为类杆菌、乳杆菌、大肠杆菌和肠球菌等，尚有少数过路菌，如金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、副大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、产气荚膜杆菌、白色念珠菌等。两组菌群保持一定的数量和比例，互相制约，维持平衡。当人体抵抗力降低或长期大量使用广谱抗生素及激素时，可使正常菌群被抑制，耐药的过路菌过量繁殖而导致肠道菌群失调。常见的肠道菌群失调症有：①金黄色葡萄球菌肠炎。主要为某些急、慢性疾病的病人，由于长期大量地应用广谱抗生素抑制了肠道正常菌群，使耐药的金黄色葡萄球菌大量繁殖，产生毒素所致。②难辨梭状芽胞杆菌肠炎。由于广谱抗生素的使用致使肠道生态平衡失调，肠道菌群改变，耐药性难辨梭状芽胞杆菌过量繁殖，产生致病的外毒素（肠毒素）所致，又称伪膜性肠炎。③真菌性肠炎。多发生在体弱成人或婴幼儿，亦是由于大量应用抗生素所致。常见致病菌为白色念珠菌、新型隐球菌和毛霉菌等。肠道菌群失调主要表现为发热、腹泻、肠鸣等，粪便可呈稀水样、粘液样或脓血样。应用抗生素治疗后，先有好转继而恶化是本病的特点。大便的细菌学检查有助于诊断。
肠道菌群失调的防治措施为：严格掌握抗生素和肾上腺皮质激素的适应症，切勿滥用。在抗生素使用过程中，作大便的细菌学检查，监测大便中菌群的变迁，一旦发现异常的细菌组合，及时停用抗生素。根据大便菌群的分析和药物敏感试验结果，选用敏感的抗菌药，也可用乳酸杆菌制剂或正常人粪便灌肠治疗。促进乳酸杆菌生长的制剂可以扶植肠道的正常菌群。此外，应加强全身支持疗法，提高病人的抵抗力