隐形眼镜是置于眼角膜上的，因其直接接触角膜及结膜，回对这两种组织造成伤害。主要的并发症如下：
巨乳突状结膜炎：因为镜片与结膜接触，张闭眼时反复摩擦刺激引起，或是对镜片本身或消毒药水的变态反应引起。主要表现是眼睑结膜（眼皮的内面）可见红石榴子一样的突起。初期不易被发觉，当病情严重时，表现为眼发红、发痒、分泌物多，戴眼镜后便出现镜片移位、视力模糊、异物感等病症。
角膜水肿和角膜机械性损伤：因为正常情况下眼角膜需要的养气80％从空气中摄取，隐形眼镜阻碍了角膜从空气中得到氧气，角膜缺氧造成角膜上皮细胞水肿且易剥落，使得配戴或取下镜片时易造成角膜上皮机械性的损伤。特别是戴镜初期，眼还不能完全适应戴镜，戴镜者操作又不熟练时容易出现这种情况。主要表现为眼发红、畏光、流泪、异物感、看东西模糊。
角膜炎和角膜溃疡：因为角膜上皮为眼很重要的一道屏障，一旦被破坏易导致角膜感染造成角膜炎，甚至角膜溃疡，严重的角膜溃疡可导致角膜穿孔。主要表现为眼发红、畏光、流泪、异物感、看东西模糊，溃疡明显者可以看见和黑眼球上白色斑点，表面凹陷，并有分泌物。
角膜白斑和角膜血管增生：角膜溃疡不易治疗，如有幸能够控制也会形成角膜白斑影响视力，又是须角膜移植才能挽回。在长期缺氧的情况下，血管由角膜边缘向中央生长，目的是向角膜提供氧分，但却可引起角膜混浊，严重者也可导致失明。主要表现是视力下降，黑眼球表面上可见白色斑点，严重者整个黑眼球都变成白色。