甲状舌管囊肿多数情况属于良性病变，严重程度与囊肿大小、是否感染或压迫周围组织有关，主要影响因素有囊肿生长速度、继发感染概率、压迫症状、手术必要性。
生长缓慢的小囊肿通常无须特殊处理，定期超声监测即可，若短期内迅速增大需警惕恶变可能。
囊肿继发感染时可出现红肿热痛，需及时使用头孢克洛、阿莫西林克拉维酸钾等抗生素控制炎症。
较大囊肿可能压迫气管或食道导致呼吸困难、吞咽困难，此时建议行甲状舌管囊肿切除术解除压迫。
反复感染或影响功能的囊肿需手术根治，术后注意保持颈部清洁干燥，避免剧烈咳嗽以防复发。
日常避免颈部外伤及呼吸道感染，术后遵医嘱复查颈部超声，出现声音嘶哑或肿块复发应及时就诊。
