甲状舌管囊肿通常不会自愈。该疾病属于先天性发育异常，多数需要医疗干预，治疗方法主要有手术切除、抗感染治疗、定期复查、观察随访。
手术是根治甲状舌管囊肿的主要方式，通过完整切除囊肿及瘘管可避免复发。术后可能出现短暂声音嘶哑或吞咽不适。
合并感染时需使用抗生素控制炎症，常用药物包括头孢克洛、阿莫西林克拉维酸钾、克林霉素。感染控制后仍需手术处理病灶。
对于暂未手术的小型无症状囊肿，建议每半年进行超声检查监测变化。复查可评估囊肿是否增大或出现感染迹象。
婴幼儿患者若囊肿较小且无并发症，可在医生指导下暂时观察。但多数病例随生长发育会逐渐增大需手术干预。
日常应避免颈部受压或外伤，出现红肿热痛等感染症状需及时就医。术后保持伤口清洁干燥，定期随访排除复发可能。
