生吃鸡蛋可能增加沙门氏菌感染风险，同时影响蛋白质吸收。鸡蛋未经加热时，其生物素结合蛋白会阻碍营养利用，且致病微生物未被灭活。
鸡蛋中的蛋白质结构在生状态下紧密，人体消化酶难以充分分解，吸收率明显低于熟鸡蛋。生蛋清含有抗胰蛋白酶，会干扰蛋白质消化过程，导致腹胀、腹泻等不适。沙门氏菌常见于蛋壳表面或内部，生食可能导致发热、呕吐、腹痛等食物中毒症状，幼儿、孕妇及免疫力低下者风险更高。生鸡蛋的维生素H与蛋清中抗生物素蛋白结合，长期食用可能引发皮肤炎症、脱发等生物素缺乏表现。
部分特殊饮食方式如某些健身人群可能短期食用生鸡蛋，需选择经过巴氏消毒的液态蛋产品。日本饮食文化中的生鸡蛋拌饭通常使用可生食鸡蛋，这类鸡蛋经过严格杀菌处理与品质检测，普通市售鸡蛋不建议模仿食用。鸡蛋加热至70℃以上可有效杀灭沙门氏菌，并使抗营养因子失活，水煮蛋、煎蛋等烹调方式能使蛋白质消化吸收率提升至90％以上。
日常食用鸡蛋建议充分加热，溏心蛋应确保蛋黄温度达到凝固状态。处理鸡蛋前后需彻底清洁双手与厨具，破损蛋壳的鸡蛋应立即丢弃。老年人及慢性病患者应避免任何形式的生鸡蛋摄入，出现腹痛、持续腹泻等症状需及时就医。
