清热暗疮丸可能引起胃肠道不适、皮肤过敏反应、肝功能异常、月经紊乱等副作用，需在医生指导下使用。
清热暗疮丸可能刺激胃肠黏膜，导致恶心、腹痛或腹泻。脾胃虚寒者慎用，出现症状可遵医嘱调整用药。
部分患者可能出现皮疹、瘙痒等过敏反应。过敏体质者用药前应告知医生，必要时可配合氯雷他定等抗组胺药物缓解。
长期服用可能影响肝脏代谢功能，表现为转氨酶升高。用药期间建议定期监测肝功能，异常时可联用护肝片等保肝药物。
该药寒凉属性可能干扰内分泌，引起经期提前或延迟。女性患者用药期间出现异常出血应停药就医。
服药期间避免辛辣刺激饮食，出现严重不良反应应立即停药并就诊，儿童孕妇等特殊人群须严格遵循医嘱。
