秃发性毛囊炎可遵医嘱使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、克林霉素磷酸酯凝胶等外用抗菌药物，严重时需口服多西环素或米诺环素。
莫匹罗星软膏适用于细菌感染引起的毛囊炎，能抑制金黄色葡萄球菌等常见致病菌。夫西地酸乳膏对革兰阳性球菌效果显著，克林霉素磷酸酯凝胶可减少毛囊周围炎症反应。
多西环素和米诺环素适用于广泛或顽固性感染，可能与痤疮丙酸杆菌、葡萄球菌深部感染有关，常伴随红肿、脓疱及脱发症状。
短期使用弱效糖皮质激素如氢化可的松乳膏，可与抗菌药物联用控制剧烈瘙痒和炎症，但需避免长期使用导致皮肤萎缩。
二硫化硒洗剂有助于减少头皮油脂和屑，碘伏溶液可消毒局部皮损，两者均作为辅助治疗手段。
避免搔抓患处，保持头皮清洁干燥，治疗期间减少使用刺激性洗发产品，若出现瘢痕性脱发需及时复诊调整方案。
