脑干脑炎多数患者经规范治疗后不会遗留后遗症，但部分重症或治疗不及时者可能出现运动障碍、吞咽困难等后遗症，主要与病灶范围、治疗时机、基础疾病等因素相关。
1、病灶范围脑干神经核团密集，若炎症累及锥体束可导致肢体瘫痪，累及延髓可能引发构音障碍，需通过康复训练改善神经功能。
2、治疗时机发病后未及时使用糖皮质激素或免疫球蛋白控制炎症，可能加重神经损伤，早期联合抗病毒治疗有助于降低后遗症概率。
3、基础疾病合并糖尿病或高血压患者微循环较差，可能影响神经修复，需同步控制原发病，配合神经营养药物如甲钴胺促进恢复。
4、并发症继发脑水肿或颅内压增高未有效干预时，可能造成不可逆损伤，需监测生命体征，必要时行脱水降颅压治疗。
恢复期建议进行吞咽功能评估，适当补充维生素B族，避免剧烈活动加重平衡障碍，定期神经科随访复查影像学变化。
