补脾益肠丸与健脾丸在成分、功效和适应症上存在明显差异，主要区别有成分配伍差异、功效侧重点不同、适应症区别、剂型特点四个方面。
补脾益肠丸含党参、白术、补骨脂等，侧重温补脾肾；健脾丸以党参、白术、茯苓为主，强调健脾消食。
补脾益肠丸兼具健脾止泻和温肾固肠作用；健脾丸主要改善脾虚食少、腹胀便溏等单纯脾虚症状。
补脾益肠丸适用于脾肾阳虚型慢性腹泻；健脾丸针对脾胃虚弱引起的消化不良。
补脾益肠丸多为浓缩丸剂，作用较持久；健脾丸常见水蜜丸剂型，更易吸收。
两种药物均需中医辨证使用，脾虚伴肾阳虚选补脾益肠丸，单纯脾虚适用健脾丸，具体用药须遵医嘱。
