真菌性肠炎可通过黄连、黄芩、白头翁、苦参等中药治疗，通常由肠道菌群失衡、免疫力低下、长期使用抗生素、基础疾病等因素引起。
黄连具有清热燥湿功效，其有效成分小檗碱对白色念珠菌有抑制作用，适用于湿热型真菌性肠炎，可配伍木香缓解腹痛症状。
黄芩所含黄芩苷能抑制真菌细胞膜合成，对合并口腔真菌感染者效果显著，常与甘草配伍减轻肠道刺激，需注意脾胃虚寒者慎用。
白头翁对组织胞浆菌等深部真菌有效，特别适用于伴随里急后重的患者，其煎剂灌肠可直达病灶，使用期间需监测肝功能变化。
苦参碱能破坏真菌线粒体功能，对顽固性真菌性肠炎有效，可配合焦山楂改善腹泻症状，孕妇及心律失常患者禁用该药材。
真菌性肠炎患者应避免高糖饮食，适当食用山药、薏苡仁等健脾食材，所有中药需经中医师辨证后使用，严重感染者需联合抗真菌西药治疗。
