真菌性角膜炎严重时需进行角膜移植术或角膜清创术，手术选择取决于感染范围、深度及药物控制效果。
1、角膜移植术
全层角膜感染或穿孔时需行穿透性角膜移植，术后需长期使用抗真菌药物预防复发。
2、角膜清创术
浅层感染可机械清除病灶联合局部用药，操作需在显微镜下精准去除坏死组织。
3、前房灌洗术
前房积脓者需穿刺冲洗，降低眼内压并清除真菌毒素，常与玻璃体注药联合应用。
4、结膜瓣遮盖术
临时性保护措施，适用于穿孔风险高的薄角膜，为移植手术争取准备时间。
术后需严格避免揉眼，遵医嘱使用抗真菌滴眼液，定期复查角膜愈合情况及眼压变化。
