雾化治疗的副作用主要有药物过敏、咽喉刺激、支气管痉挛、真菌感染等，多数症状轻微且可控。
部分患者可能对雾化药物成分过敏，表现为皮疹或呼吸困难，需立即停药并就医，常用药物包括布地奈德、沙丁胺醇、异丙托溴铵。
雾化颗粒可能刺激咽喉黏膜，导致干咳或声音嘶哑，治疗后可温水漱口缓解，常见于使用高渗盐水或乙酰半胱氨酸雾化时。
少数患者吸入药物后可能出现气道收缩，表现为喘息加重，需调整雾化方案，可选用特布他林等支气管舒张剂预处理。
长期使用激素类雾化药物可能诱发口腔念珠菌病，表现为白膜或灼痛，雾化后及时漱口可降低风险，必要时联用制霉菌素。
雾化前后清洁面部、使用储雾罐可减少局部副作用，治疗期间建议监测口腔卫生并定期复查肺功能。
