眼结石多数情况下无须立即治疗，可根据症状严重程度选择阶段性观察或干预。处理方式主要有定期复查、人工泪液缓解、门诊剔除术、控制原发疾病。
无症状或轻微异物感的眼结石可每3-6个月复查一次，通过裂隙灯检查评估结膜结石是否增大或刺激角膜。
干眼症继发的眼结石可使用玻璃酸钠滴眼液、羧甲基纤维素钠滴眼液等人工泪液改善眼表润滑，减少摩擦刺激。
突出结膜表面引起角膜划伤时，需在表面麻醉下用注射针头剔除结石，术后使用左氧氟沙星滴眼液预防感染。
慢性结膜炎或睑缘炎导致的眼结石需联合治疗原发病，如使用妥布霉素地塞米松眼膏控制炎症。
日常避免揉眼并保持眼部清洁，长期佩戴隐形眼镜者需定期停用，合并干眼症时可配合热敷缓解症状。
