葡萄球菌感染可选用青霉素类、头孢菌素类、大环内酯类、糖肽类抗生素，具体选择需根据药敏试验结果及感染严重程度决定。
青霉素G对敏感葡萄球菌有效，但多数金黄色葡萄球菌已产生耐药性。可选用耐酶青霉素如苯唑西林，适用于皮肤软组织感染。
一代头孢如头孢唑林对甲氧西林敏感葡萄球菌有良好效果，二代头孢如头孢呋辛可用于中度感染，三代头孢适用于耐药菌株。
红霉素、克拉霉素适用于青霉素过敏患者，对社区获得性肺炎等呼吸道感染有效，但部分菌株可能出现耐药。
万古霉素是治疗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的首选药物，需静脉给药，主要用于严重感染如败血症、心内膜炎等。
葡萄球菌对抗生素耐药率高，用药前应进行细菌培养和药敏试验，避免滥用抗生素导致耐药性增强，治疗期间需监测肝肾功能。
