克拉霉素副作用多数较轻微，常见胃肠道不适、头痛、皮疹等，严重不良反应发生率较低。
克拉霉素可能引起恶心、呕吐、腹泻等，与药物刺激胃肠黏膜有关。症状较轻时可随餐服用，严重需换用阿奇霉素、罗红霉素等其他大环内酯类药物。
部分患者用药后出现头晕、头痛，通常与药物透过血脑屏障有关。症状持续者可考虑减量或改用多西环素、左氧氟沙星等替代抗生素。
偶见皮疹、瘙痒等过敏表现，需立即停药并换用克林霉素、甲硝唑等非大环内酯类抗菌药物。
长期大剂量使用可能引发转氨酶升高，需定期监测肝功能，必要时调整为头孢克肟、阿莫西林等肝毒性较低的抗生素。
用药期间避免饮酒，出现严重腹泻、黄疸或心悸等症状应及时就医。
