黄芩具有清热燥湿、泻火解毒、止血安胎等功效，主要用于湿热痞满、肺热咳嗽、高热烦渴、血热吐衄等症状。
黄芩苦寒沉降，能清泄胃肠肝胆及下焦湿热，适用于湿热泻痢、黄疸尿赤、带下阴痒等症，可配伍黄连、葛根等药物使用。
黄芩善清肺胃胆及大肠之火，对肺热咳嗽、高热烦渴、疮疡肿毒有良效，常与栀子、连翘等配伍，代表方剂如黄连解毒汤。
黄芩能泄热凉血止血，适用于血热妄行导致的吐血衄血、便血崩漏，临床多与生地黄、白茅根等药物联合应用。
黄芩有清热安胎之效，可用于妊娠胎热不安，常与白术等配伍组成安胎方剂，但须在中医师指导下辨证使用。
使用黄芩需经中医辨证，避免长期大量服用，脾胃虚寒者慎用，服药期间忌食辛辣刺激食物。
